Последние 15 лет Виталий Загинаев занимается исследованием опасных экзогенных геологических процессов, таких как селевые потоки, оползни, камнепады, лавины и др. в Кыргызской Республике, включая северные и южные области республики. С 2008 года занимается исследованием прорывоопасных высокогорных озер. В 2016 году защитил диссертацию на тему Динамика селевых потоков Северного Тянь-Шаня, где одна из глав была посвящена реконструкции прошлых селевых потоков, с использованием дендрохронологического метода, в тесном сотрудничестве с университетом Берна, Швейцария.

С 2019 по 2020 г., продолжил свою научную карьеру в Карловом Университете, г.Прага, на позиции постдока, где работал под руководством профессора Богумира Янски над изучением формирования и развития прорывоопасных озер в Кыргызской Республике.

С 2021 года начал работу на государственной службе в Департаменте мониторинга и прогнозирования Чрезвычайных Ситуаций на позиции начальника управления анализа и прогнозирования чрезвычайных ситуаций. Имеет научные публикации в международных рецензируемых журналах, одну монографию по Прорывоопасным озерам Кыргызской Республики. Является членом международной селевой ассоциации, научно-технического совета МЧС КР и диссертационного совета Института водных проблем и гидроэнергетики НАН КР.